Este o  mănăstire ortodoxă de călugări, ctitorită în secolul al XVII-lea de  voievodul Gheorghe Duca.  Mănăstirea Cetățuia domină peisajul prin silueta sa zveltă, străjuită de un turn impozant și împrejmuită cu un zid de piatră măcinat de vreme.

Ea a fost construită de la început ca un complex fortificat medieval capabil să ofere domnitorului și boierilor un reazem pentru o rezistență înarmată împotriva invadatorilor. Aici a funcționat o tiparniță cu litere grecești, adusă de la Veneția. Ajunsă o ruină la sfârșitul secolului al XIX-lea, mănăstirea a fost restaurată în perioada interbelică la inițiativa istoricului Nicolae Iorga.

 

În condiţiile în care, după dărâmarea parţială , la porunca turcilor, a cetăţilor Moldovei, de către Alexandru Lăpuşneanu şi în virtutea interdicţiei din partea Porţii de a se construi fortificaţii, domnilor Moldovei le-a rămas , pentru apărarea persoanei lorsă recurgă la procedeul cetății camuflate în mănăstire . Aceasta nu avea valoarea unui adevărat loc întărit dar asigura , pentru domnitor și familia lui, un avantaj împotriva unui dușman.Înainte vreme, pe dealul Cetățuia ce domină partea de sud a Iașului se aflau vii, grădini, livezi sau pădure. În vara anului 1666, domnitorul Gheorghe Duca al Moldovei (1665-1666, 1668-1672 și 1678-1683) a cumpărat acolo, de la mai mulți proprietari, o întinsă podgorie, cu intenția probabilă de a înălța o mănăstire. Fiind mazilit la scurtă vreme se pare că planurile sale au rămas neterminate.

În toamna anului 1668, după revenirea sa pe tron, s-a început construirea unei mănăstiri fortificate ce trebuia să îndeplinească și rolul de cetate de apărare în cazul unor invazii ale Moldovei.Ritmul construcției a fost unul foarte alert, în primăvara anului 1669 fiind aproape terminate zidurile bisericii și, după cum reiese din scrisorile domnești pe care le primiseră împuterniciții domnitorului, se căuta achiziționarea de material pentru acoperiș. După cum reiese din documente și din pisania amplasată pe turnul clopotniță, la 10 iunie 1670 se finalizase deja construcția zidurilor incintei, a bastioanelor și a turnului clopotniță. Cu toate acestea, sfințirea bisericii a avut loc abia în 1672, după pictarea bisericii și înzestrarea ei cu obiecte de cult.

Mănăstirea a fost închinată Patriarhiei Ierusalimului încă din anul 1670, când nici nu fusese încă terminată. În 1672, domnitorul Gheorghe Duca a înmormântat în noua biserică pe una din fiicele sale, Maria.

Domnitorul Gheorghe Duca și urmașii acestuia pe tronul Moldovei au înzestrat mănăstirea cu mai multe moșii , inclusivveniturile a peste 200 de clădiri din Iași.

Astfel s-a construit Galata iar mai târziu, Cetățuia, ca mănăstire-cetate, de către domnitorul Gheorghe Duca ( terminată în 1672). Poziția Cetățuii este dintre cele mai bune,fiind situată în apropierea orașului și a Curții Domnești, în punctul cel ,mai înaltdin această zonă iar zidul de întărire există și astăzi, cu excepția părții de vest. Zidurile au o înălțime de până la 7 metri și o grosime de 1,40 metri.

Clădirea egumeniei este ceva mai micădecât palatul domnesc, formată din parter și o pivniță. Mândria arhitectonică a Cetățuii o reprezintă sala gotică – trapezăria –inspirată de trapezăria de la Dragomirna și de la Trei Ierarhi. și care ocupă întreaga aripă dreaptă a clădirii (înspre est). Aici se intră din tindă printr-o ușă încadrată într-un chenar de piatră sculptat, cu profile întretăiate. Aceasta este o sală cu o lungime de aproape 16 m și o lățime de aproape 9 m, cu pardoseală din cărămizi hexagonale. Ea are șase bolți în ogivă, sprijinite de doi pilaștri puternici, aflați în axul central al camerei și de console de piatră cioplită aflate pe pereți. Cele două coloane sunt din piatră și au secțiune octogonală; ele sunt decorate la mijloc cu un brâu împletit moldovenesc. La partea inferioară, coloanele sunt așezate pe un soclu pătrat de piatră, iar la partea superioară, sub capitelul pătrat, se află patru console frumos ornate. Pe cele câte opt nervuri de piatră cioplită ale bolților se află decorații în formă de rozete pătrate. Sala este luminată prin opt ferestre care dau spre curtea mănăstirii. Inițial, sala gotică a fost zugrăvită în frescă, urme de pictură (în care se disting personaje biblice și scene biblice) observându-se și astăzi pe pereții sudic și estic. Sala gotică a îndeplinit inițial rolul de trapeză, iar în anii '90 ai secolului al XX-lea s-a amenajat aici un paraclis..

În aripa stângă a clădirii se află trei încăperi boltite cilindric și o săliță, la capătul căreia este o scară secretă care duce direct la etajul inferior al pivniței.

Biserica cu hramul Sf Petru și Pavel , de la Cetățuia, este considerată o copie simplificată a bisericii Trei Ierarhi.

Turnul clopotniță a fost construit în anul 1670 în partea de sud a mănăstirii, având și rolul de loc de intrare în mănăstire .Curtea domnească de la Cetățuia era un palat de locuit dar și donjon al unei cetăți.   Sultanul Mahomed al IV-lea a vizitat noua mănăstire , resimțind o mare admirație pentru aceasta. În 1682 , Gheorghe Duca a întemeiat la Cetățuia o tipografie grecească  de cărți bisericești, care va funcționa acolo până în 1698.  Această tipografie era la acea vreme singura de acest fel din întregul Orient.        Domnitorul a fost  reînhumat în cripta din pronaosul bisericii de la Cetățuia , în anul 1693, de către fiul său , Constantin Duca.

În anul 1710 , domnul Moldovei, Dimitrie Cantemir s-a adăpostit între zidurile Cetățuii , la declanșarea războiului ruso- turc ( 1710). În timpul războiului turco-austriac, izbucnit în 1716, armatele austriece ale împăratului Carol al VI-lea de Habsburg (1711-1740) au trecut în țările române, dorind să-și extindă stăpânirea.

În ianuarie 1717, pe o vreme foarte friguroasă, o oaste de 200 de soldați austrieci sub comanda căpitanului François (Ferencz) Ernau, originar din Lorena, împreună cu o oaste de adunătură formată din moldoveni sub conducerea sulgerului Gheorghieș Velicico din Câmpulung, s-a îndreptat spre Iași. Auzind de apropierea austriecilor, domnitorul Mihai Racoviță, împreună cu oastea sa, s-a retras la Mănăstirea Cetățuia.

Pe după-amiază, trupele austriece se aflau în jurul Mănăstirii Cetățuia, după ce-și lăsaseră caii la poalele dealului. Acolo, ei așteptau să le sosească scările cerute pentru a escalada zidurile cetății. Zgomotele produse de împușcături și de tragerea clopotelor i-au alertat pe tătarii aflați în valea de la Aroneanu, care au început „a veni ca vântul”. Atacați de oștenii lui Mihai Racoviță veniți din oraș și, mai ales, de călăreții tătari conduși de Cantemir Mârza, austriecii au luptat cu dârzenie. Deși austriecii foloseau puști, iar tătarii foloseau săgețile și arcanele, în spatele austriecilor au ieșit ostașii aflați la Cetățuie purtând năframe albe la braț, pentru a se deosebi de oştenii moldoveni . Terminându-li-se praful de pușcă, austriecii au început să fugă spre Mănăstirea Hlincea, pentru a-și scăpa viața. Au fost urmăriți de tătari și de moldoveni, fiind măcelăriți pe drum sau capturați, printre cei prinși aflându-se și căpitanul Ferencz.

A doua zi, domnitorul Mihai Racoviță a coborât de la Cetățuia la Curtea Domnească pentru a-i judeca pe austrieci. Căpitanul Ferencz a fost adus de către tătari, legat cu o funie de gât, în fața domnitorului . El a fost decapitat iar prizonieriifăcuți cu acest prilej au fost spânzurați. Cadavrele celor uciși (în număr de 500-600) printre care se afla și cel al lui Ferencz au fost strânse lângă Fântâna Parasca, la drumul cel mare al Țarigradului, în preajma Cetățuiei.  Domnitorul a pus să se scrie întreaga întâmplare pe această cruce, numită de popor Crucea lui Ferencz.

După acest eveniment, domnitorul Mihai Racoviță le-a dat călugărilor Mănăstirii Cetățuia mai multe scutiri de dări, în special cu privire la via de pe coasta dealului.

Ulterior, în 1788, Cetățuia a fost folosită ca depozit de grâne pentru armata otomană iar armata rusă a folosit-o ca spital militar, între 1788-1812.

În decembrie 1863, prin Legea secularizării averilor mănăstirești a    domnitorului Alexandru Ioan Cuza (1859-1866), Mănăstirea Cetățuia a fost scoasă de sub tutela Patriarhiei Ierusalimului, iar călugării greci au plecat. Mult timp, Biserica Mănăstirii Cetățuia a fost filială a Parohiei Galata, aici slujind un preot o dată pe lună. În curtea bisericii, Ministerul Agriculturii și Domeniilor a înființat acolo o pepinieră de arbori și viță de vie americană.  

Mănăstirea ajunsese o ruină la sfârșitul secolului al XIX-lea, zidurile bisericii fiind măcinate de infiltrația apei pluviale, iar turla de pe naos era pe jumătate descoperită. Aceasta este starea în care o găsea arhitectul Constantin Băicoianu, sub coordonarea căruia s-au efectuat reparații la biserică în 1896. Noi lucrări de restaurare au fost efectuate în perioada 1910-1911, la inițiativa Comisiunii Monumentelor Istorice. În octombrie 1911, lucrările au fost finalizate, iar mănăstirea a putut fi vizitată de delegații universităților străine veniți la sărbătorirea semicentenarului Universității din Iași. În aceeași zi, aviatorul Aurel Vlaicu a zburat deasupra orașului Iași cu avionul construit de el, făcând mai multe virajuri în jurul dealului și Mănăstirii Cetățuia.

La 30 septembrie 1911 s-a pus piatra de temelie la chiliile călugărești de la Mănăstirea Cetățuia, în prezența familiei regale (Regele Carol I, Prințul Moștenitor Ferdinand ș.a.), a mitropolitului Pimen Georgescu al Moldovei, a unor membri ai guvernului și ai autorităților locale. Mitropolitul Pimen a adus aici călugări de la alte mănăstiri din Moldova și astfel mănăstirea s-a redeschis.

În timpul primului război mondial, clădirile din incinta mănăstirii au servit ca spital militar, aici fiind îngrijiți ostașii răniți. În anul 1930, la inițiativa lui Nicolae Iorga, președintele Comisiunii Monumentelor Istorice, au fost refăcute biserica și încăperile mănăstirii, după cum atestă o placă memorială amplasată pe clădirea Egumeniei.

Lucrări importante de restaurare s-au efectuat în perioada 1964-1971, în urma cărora turnul clopotniță și-a recăpătat forma sa originară, cuhnea, zidurile incintei și bastioanele au fost refăcute, iar palatul lui Duca Vodă a fost consolidat.

În restaurarea complexului monahal un merit deosebit l-a avut arhimandritul Mitrofan Băltuță (1927-1995), stareț timp de 25 ani al mănăstirii (1971-1995) și exarh al mănăstirilor din Arhiepiscopia Iașilor (1981-1995). În perioada stăreției sale, s-au efectuat lucrări de reînnoire ale bisericii (s-a refăcut acoperișul cu tablă de zinc, s-a pardosit interiorul cu marmură, s-a înnoit mobilierul, veșmintele, vasele de cult etc.), s-au refăcut casa domnească, stăreția, turnul-clopotniță, cuhnea, zidurile de incintă etc. În sala gotică s-a amenajat un paraclis. În afară de acestea, starețul Mitrofan a amenajat o modernă gospodărie anexă. Prin activitatea sa de înnoire și înfrumusețare a complexului mănăstiresc, el este socotit un mare ctitor restaurator al Mănăstirii Cetățuia.

Viața religioasă si culturală a Mănăstirii Cetățuia este prezentată în muzeul mănăstirii, care poate fi vizitat de pelerini.

 

Biserica Mănăstirii Cetățuia, cu hramul Sf. Apostoli Petru și Pavel, este amplasată în mijlocul incintei.

Biserica Mănăstirii Cetățuia este construită în plan triconc, cu absidele naosului și altarului semicirculare în interior și poligonale în exterior, fiecare absidă având câte trei ferestre. Edificiul este înconjurat de un brâu torsadă de piatră, încadrat de câte o friză ornată de frunze sculptate în relief. În registrul superior se află câte două rânduri de ocnițe, cele de sus fiind mai mici decât cele de jos. Zidurile exterioare sunt sprijinite de șapte contraforturi, care nu se înalță niciodată deasupra brâului median. Ușile și ferestrele sunt construite în stil gotic, cele mai mici fiind încadrate de o rețea de baghete încrucișate.

Biserica are două turle octogonale aflate deasupra pronaosului și naosului și construite pe două baze: prima pătrată și a doua stelată. Pe turle se află firide alungite, patru ferestre dreptunghiulare mici dispuse în cele patru puncte cardinale, patru contraforturi mici și trei rânduri de ocnițe (două deasupra arcadelor și unul la baza pătrată). În timpanul ușii, într-o cruce cu brațele egale și rotunjite, este sculptată stema Moldovei: capul de bour care susține o coroană ce este prevăzută cu o cruce pe mijloc, având câte un leu de o parte și de alta. În biserică s-au mai păstrat din vechiul mobilier doar strana domnească și cea arhierească.

Ansamblul pictural al bisericii este de o mare valoare artistică. Biserica a fost pictată în 1673, în frescă, de meșteri aromâni, frații Mihai, Gheorghe și Dima din Ianina (Grecia), ajutați de zugravii români Nicolae "zugravul cel bătrân" și Ștefan care lucraseră și la pictarea Bisericii Trei Ierarhi.

Pictura originală nu s-a păstrat decât parțial, restul picturilor fiind modificări din secolul al XVIII-lea și din deceniul al patrulea al secolului al XIX-lea. Biserica a fost repictată în perioada 1827-1837 culoare peste culoare, inscripțiile icoanelor fiind în grecește. În pronaos, pe peretele vestic, s-a păstrat tabloul votiv în care este reprezentată familia domnitorul Gheorghe Duca, ctitor al bisericii.